Super Charlie, süper kahraman olmak isteyen bir çocuğun hikayesini konu ediyor. On yaşındaki Wille, polis memuru babasının yanında suçla savaşıp süper kahraman olmayı hayal eder. Ancak küçük kardeşi Charlie doğduğunda hayali suya düşer. Charlie tüm ilgiyi üzerine çekmekle kalmaz, aynı zamanda onun süper güçleri olduğunu da keşfeder. Bir süper kötü adam ve dengesiz bir bilim insanı şeytani planlarını uygulamaya koyduklarında, Wille ve Charlie anlaşmazlıklarını bir kenara bırakıp bir ekip olarak çalışmak zorunda kalırlar. Peki ya küçük bir çocuk ve kıskanç kardeşi şehri kurtarabilecek midir?